Биологическое разнообразие растений на территории парка – одно из самых высоких на всей территории Республики Коми. Флора парка насчитывает около 450 видов лишайников, около 170 видов мхов, более 660 видов сосудистых растений. Богатство флоры национального парка возрастает в направлении с севера на юг. Наибольшим разнообразием отличаются травы. Основу травостоев пойменных и горно-тундровых лугов составляют злаки.

Горный характер флоры национального парка проявляется в значительном разнообразии осоковых, по сравнению с более западными районами Республики Коми.

Специфической чертой флоры является обилие папоротников и вересковых. В десятку наиболее богатых семейств входят здесь злаковые, сложноцветные, розоцветные, лютиковые, гвоздичные, норичниковые. На территории парка произрастает 22 вида папоротниковидных, относящихся к 9 семействам.

Лугов на территории парка немного, их площадь составляет всего 2000 га. Участки горных луговых высокотравных и мелкотравных сообществ встречаются между лесным и горно-тундровым поясом. Высокотравные сообщества из аконита северного, бодяка разнолистного, василистника малого, вейника пурпурного занимают пологие, достаточно увлажненные горные склоны с гумусированными почвами. Мелкотравные луга из овсяницы овечьей, герани белоцветковой, луговика извилистого и многих других видов формируются на более крутых сухих склонах, лесных полянах.

Луга речных долин в горной части национального парка имеют иной видовой состав. В каньонообразных долинах Кожима, Сыни, Щугора, Подчерема луговые сообщества образуют узкие полосы, тянущиеся вдоль русла с перерывами перед стеной леса или кустарников, скалистыми обнажениями. Наряду с равнинными луговыми (лисохвост луговой, мятлик луговой, подмаренник северный, тысячелистник обыкновенный) и лесными (золотарник, звездчатка) видами в них встречается значительное количество горно-тундровых растений (остролодочник грязноватый, астрагал субарктический, резуха альпийская, осока арктосибирская и др.).

В западной части национального парка, захватывающей Печорскую низменность, по берегам Большой Сыни, Подчерема, Щугора, Кожима, на их островах и в местах впадения крупных притоков, располагаются луговые массивы, по видовому составу почти не отличающиеся от пойменных лугов реки Печоры. В местах с избыточным увлажнением формируются осоковые сообщества, на дренированных участках они замещаются крупнозлаковыми из канареечника тростниковидного, лисохвоста лугового, вейника пурпурного. По опушкам долинных лесов обычны луга из крупных видов разнотравья – лабазника вязолистного, василистника малого, скерды сибирской и др.

Особенно живописны в разгар лета бечевники и скалы, где наряду с обычными колокольчиком круглолистным, незабудками болотной и азиатской встречаются редкие виды, такие как тимьян Талиева, ветреница пермская.

Под пологом лесов разнообразие трав не так велико, как на открытых пространствах. В большом количестве в лесах встречаются лесные папоротники, хвощ лесной, осока шаровидная, соцветия грушанок, майника, седмичника и одноцветки.

К уникальной особенности биологического разнообразия растений парка относится значительная доля редких, подлежащей особой охране видов (около 50). Из сосудистых растений, занесенных в Красную книгу России, здесь распространены: орхидеи Венерин башмачок настоящий и пальчатокорник Траунштейнера, родиола розовая, или золотой корень, кастиллея арктическая из семейства норичниковых. Из лишайников — лобария лёгочная.

Из видов, занесенных в Красную книгу Республики Коми, в парке произрастают более 30 видов. Среди особо охраняемых растений парка значительную долю составляют эндемичные и реликтовые виды. К эндемичным видам, встречающимся только на Урале, относятся: ветреница пермская, качим уральский, лен северный, тимьян Талиева. Из реликтовых видов, представляющих собой остатки флоры прежних климатических эпох, в парке распространены: кустарниковая лапчатка курильский чай, родиола четырехчленная, белокопытник сибирский.

Наиболее богаты редкими видами скальные комплексы бассейна р. Кожим в северной части парка. Здесь обнаружены редчайшие на территории Европы новоторулярия приземистая, желтушник Палласа, астрагал Городкова, осоки морская и Краузе. В долине реки расположены многочисленные местообитания таких редких растений как родиолы розовая и четырехчленная, мак югорский, курильский чай, дриада восьмилепестковая, качим уральский, тимьян Талиева, лён северный, пион уклоняющийся, криптограмма Стеллера, вероника альпийская, астрагал норвежский, мытник прелестный, калужница арктическая, гариманелла моховидная, ветреница лесная, венерин башмачок настоящий.